全新设计的DDA和DIA蛋白质组学和多肽组学工作流

PEAKS Studio 的DDA和DIA工作流程已精简为两大强大选项：蛋白质组学（Proteome）和肽组学（Peptidome）。

Proteome工作流程能够支持传统的蛋白质定性和定量分析，结果聚焦于蛋白质水平。而肽组学工作流程利用基于DeepNovo深度学习算法的从头测序技术，结合多肽数据库搜索与序列变异分析，实现肽段水平的深度挖掘分析。

用户可自定义分析流程，可根据分析需求在任意步骤选择提交分析，并可在此分析基础上添加或修改其他步骤。分析结果将以直观的结果节点形式展示，便于用户解读、探索和验证数据。

软件功能亮点

PEAKS^® Studio 13使用最新的PEAKS算法进行data loading/refine、定性和定量等分析，DDA和DIA分析性能均通过深度学习算法得以大幅提升，鉴定率可提高10%以上。

整合直接序列数据库搜索的一体化DIA工作流

PEAKS^® Studio 13提供独特的DIA工作流程，通过整合四种方法最大限度地提升肽段鉴定率：谱图库搜索、直接数据库搜索和从头测序及序列变异分析，定性定量提升高达 20%，同时优化 CPU 和 GPU 资源的数据处理速度。

1.SL search是针对于预定义的谱图库进行的。不包含在谱图库中的多肽可以用direct DB的方法直接对蛋白的序列数据库继续搜索。

2.DIA数据可以直接对蛋白序列数据库进行搜索。优化的机器学习算法可以提高多肽鉴定的灵敏度与准确度。在该分析流程中，PEAKS® Studio 13支持用户指定的任何翻译后修饰（PTMs）鉴定，无需修饰肽段存在于SL中即可提高修饰肽段的鉴定率。

3.在序列数据库中未得到好的多肽匹配的谱图，可以进行从头测序。

4.利用 SPIDER 算法将高分从头测序肽段与数据库比对，以发现序列变异。

5.无论是来自于谱图库搜索还是直接序列数据库搜索的多肽鉴定结果，都可以进入到下一步的定量分析。

注意：谱图库搜索和直接序列数据库搜索均是可选的。用户可单独执行谱图库搜索、直接序列数据库搜索，或按顺序组合执行这两个搜索分析。

 基于特征峰的定性分析

基于MS1特征峰的鉴定可提高灵敏度和肽鉴定效率。

专为DDA设计，提高了数据分析的重现性。

整合了数据库搜索和从头测序，实现深度蛋白质组学。

PEAKS DDA的启用深度学习增强功能，使多肽的鉴定达到最大化。

PEAKS DeepNovo多肽组学：先进的免疫肽组学解决方案

该工作流是专门为多肽组学研究设计的，结合了数据库搜索、从头测序和多肽突变的鉴定。

更高水平的置信度：精确到氨基酸的可信翻译后修饰/突变位点鉴定

PEAKS PTM和SPIDER分析工作流程可以帮助研究者发现预期以外的位置翻译后修饰和突变位点，并且可以基于修饰或突变位点的碎片离子质量，提供精确的可信度判断。研究人员可以基于可信位点进一步准确地了解蛋白质的相关功能和调控机制，更深入地了解蛋白质动力学和疾病机制。并且对于推进对生物过程的理解和制定有针对性的治疗方案至关重要。

质量控制(QC)功能:从原始数据到结果的深入分析

Hybrid DIA/PRM

Thermo的Hybrid-DIA技术，仅在PEAKS^® Studio提供，结合了靶向和发现驱动的方法，使其成为临床蛋白质组学应用的理想选择。

Hybrid-PRM/DIA是一种新的数据采集策略，通过智能触发多并行反应监测（PRM），结合使用实现DIA对临床生物标本进行发现驱动的数字化，可以提高对特定分析集的灵敏度。重标记参考肽被用作PRM和内源性肽监测的触发。

PEAKS PRM

PRM可以通过设置目标母离子信息，排除复杂样本中其他离子的干扰，确保准确且可重现的目标多肽定量。PEAKS^® 13的PRM靶向定量分析工作流参数设置更灵活，可以选择通过外标法绘制曲线，实现绝对定量。并且，针对不同的应用场景，拆分了标记和非标记两个流程。PEAKS^® 13也新增了PRM PASEF(Bruker)的数据支持。

软件视图导览

LC/MS Data Refine视图

用户可在LC/MS图谱上轻松可视化母离子（有或无Identification的母离子均会展示），以及从头测序标签，以改进结果验证。

对于一个给定的肽段，可以在多肽列表和LC/MS视图之间无缝切换。点击一个或多个鉴定结果即可显示并比较支持的碎片离子，这便于验证重叠的肽段鉴定。

支持的碎片离子还会在肽段选项卡的LC/MS谱图中显示。用户也可点击LC/MS图谱查看鉴定结果。

DIA Feature View

PEAKS^® 的DIA Feature可视化展示提供了DIA数据解析结果的更丰富的信息，使用户能够便利的查看、验证和确认母离子。不管有没有定性信息，所有的MS1 feature都会展示，选中之后也会显示与之匹配的碎片离子。Mirror plot会显示预测谱图与实际检测谱图的相关性。

Quantification View

PEAKS^® Studio 中的定量模块PEAKS Q，直接在定性工作流后加入定量分析步骤即可获得在同一组样品中，蛋白质丰度的相对变化。

如果选择了“Feature-based”的定量，LFQ结果将包含一个新的“de novo only”选项卡，其中包含与数据库不匹配的肽段的定量结果。

Protein View

蛋白质视图在DDA和DIA工作流程中展示了复杂生物样品的蛋白谱。对于每个蛋白质，Coverage视图显示了一个包含谱图注释信息的肽图，用于结果的验证。使用PEAKS传统的从头测序辅助数据库搜索的方法，用户可以轻松地在蓝条状图中查看与参考序列数据库匹配一致的多肽序列，而灰色的条状图表示de novo only与参考序列库部分匹配的序列标签。

The Peptide View

多肽视图提供了多肽鉴定结果的列表，并且包含了MS1的丰度信息，对每一个修饰肽段，修饰位点的置信度信息（ Ascore）也会显示在这里。

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PEAKS Studio 可以根据您实验室的使用需求选择授权版本

• Desktop License–24线程, 最多可以处理达到CPU的24线程
• Workstation License–48线程，最多可以处理达到CPU的48线程

PEAKS^® Studio 13建议安装在 Windows 10或更高版本的64 位Windows 操作系统上。

Desktop License: 30+线程处理器、64GB+of RAM以及兼容GPU(如下所述)

Workstation License：60+线程处理器、128GB+RAM以及兼容 GPU（如下所述），如 Intel Core i7/i9/Xeon或AMD Ryzen 7/9/Threadripper处理器

如需运行DeepNovo，需要机器配备NVIDIA CUDA计算能力≥8 且≥8GB内存的GPU。

如需运行DIA Database Search，建议机器配备具有NVIDIA CUDA 计算能力≥5 且≥8GB 专用内存的GPU。

GPU 驱动必须更新到 CUDA 12.3 或更高版本。