• SL search是针对于预定义的谱图库进行的。不包含在谱图库中的多肽可以用direct DB的方法直接对蛋白的序列数据库继续搜索。
• DIA数据可直接搜索蛋白质序列数据库。先进的机器学习算法显著提升了肽段鉴定的准确性和灵敏度。PEAKS DIA工作流现已支持用户指定的任意翻译后修饰（PTM）鉴定。这一功能将大幅提升修饰肽段的鉴定数量，且无需依赖谱图库中预先存在的修饰肽段条目。
• 在序列数据库中未匹配的谱图，将进行从头测序。
• 利用 SPIDER 算法将高分从头测序肽段与数据库比对，以发现序列变体。
• 无论是来自于谱图库搜索还是直接序列数据库搜索的多肽鉴定结果，都可以进入到下一步的定量分析。

 基于特征峰的定性分析

• 基于MS1特征峰的鉴定可提高灵敏度和肽鉴定效率。
• 专为DDA设计，提高了数据分析的重现性。
• 整合了数据库搜索和从头测序，实现深度蛋白质组学。
• PEAKS DDA的启用深度学习增强功能，使多肽的鉴定达到最大化。
• 了解更多关于de novo测序为您的研究带来的优势。

在PEAKS^® Studio中，质量控制（QC）分析功能使用户能够全面评估原始数据和/或分析结果的统计信息，深入洞察LC-MS采集过程的各项属性特征。这一自动化工具同时适用于DDA和DIA模式，可提供关键参数用于判定数据质量并评估实验方案设置的合理性。

DIA Feature View

DIA特征峰视图体现了PEAKS致力于提供完整结果透明度的设计理念，使用户能够深入调查、验证和确认前体离子。该视图完整展示所有特征峰（包括已鉴定和未鉴定的），提供所有碎片离子归属信息、镜像图谱（用于展示实验观测碎片与预测碎片之间的相关性），以及MS1和MS2特征视图。

如果选择了“Feature-based”的定量，LFQ结果将包含一个新的“de novo only”选项卡，其中包含与数据库不匹配的肽段的定量结果。

Hybrid DIA

Thermo的Hybrid-DIA技术，仅在PEAKS^® Studio提供，结合了靶向和发现驱动的方法，使其成为临床蛋白质组学应用的理想选择。

Hybrid-PRM/DIA是一种新的数据采集策略，通过智能触发多并行反应监测（PRM），结合使用实现DIA对临床生物标本进行发现驱动的数字化，可以提高对特定分析集的灵敏度。重标记参考肽被用作PRM和内源性肽监测的触发。

The Protein View

蛋白质视图在DDA和DIA工作流程中展示了复杂生物样品的蛋白谱。对于每个蛋白质，Coverage视图显示了一个包含谱图注释信息的肽图，用于结果的验证。使用PEAKS传统的从头测序辅助数据库搜索的方法，用户可以轻松地在蓝条状图中查看与参考序列数据库匹配一致的多肽序列，而灰色的条状图表示de novo only与参考序列库部分匹配的序列标签。

The Peptide View

多肽视图提供了多肽鉴定结果的列表，并且包含了MS1的丰度信息，对每一个修饰肽段，修饰位点的置信度信息（ Ascore）也会显示在这里。