• 在勾选谱图库的情况下，PEAKS首先将所有的谱图进行基于谱图库的检索，将通过FDR阈值的多肽输出。
• 对于未能与谱图库匹配到的二级谱，可以进一步使用理论蛋白质序列数据库开展直接数据库预测匹配。
• 支持DIA de novo分析可以辅助鉴定全新肽段、序列变异及未预设类型的翻译后修饰。
• 融合以谱图为中心与以肽段为中心的两类分析策略，率先实现了不依赖谱图库的翻译后修饰全景图谱解析。

 基于特征峰的定性分析

• 基于MS1特征峰的鉴定可提高灵敏度和肽鉴定效率。
• 专为DDA设计，提高了数据分析的重现性。
• 整合了数据库搜索和从头测序，实现深度蛋白质组学。
• PEAKS DDA的启用深度学习增强功能，使多肽的鉴定达到最大化。
• 对于未匹配到数据库序列的谱图，如果有评分较高的 de novo 标签，可以执行多轮搜索、PEAKS PTM、Open PTM以及序列变体等分析。

使用PEAKS^® Studio中的质量控制(QC)功能，用户可以评估原始数据和结果的统计信息，并获得对LC-MS采集的关键指标。这个自动化工具专为DDA和DIA数据而设计，可提供用于判断数据质量的指标因素，并对实验设置进行评估。

DIA Feature View

PEAKS^®的DIA Feature可视化展示提供了DIA数据解析结果的更丰富的信息，使用户能够便利的查看、验证和确认母离子。不管有没有定性信息，均展示完整的碎片离子归属，Mirror plot会显示预测谱图与实际检测谱图的相关性，同时提供MS1与MS2双维度特征视图。

如果选择了“Feature-based”的定量，LFQ结果将包含一个新的“de novo only”选项卡，其中包含与数据库不匹配的肽段的定量结果。

Hybrid DIA

Thermo的Hybrid-DIA数据，仅在PEAKS^® Studio中可以分析，该采集方法结合了靶向和发现驱动的方法，使其成为临床蛋白质组学应用的理想选择。

Hybrid-PRM/DIA是一种新的数据采集策略，重标参考肽被用作触发离子，通过智能触发并行反应监测（PRM）与DIA采集，将临床样本的生物信息智能、全面地数字化。

PRM/MRM

PRM靶向定量工作流可对复杂生物样本中的特定肽段实现精准可靠的定量分析。

PEAKS Studio 新增手动配置选项：支持自主筛选肽段碎片离子、划定保留时间区间，所有参数调整均可在最终确认前实时预览。全新的带注释二级质谱数据视图，也大幅简化了肽段碎片离子的可视化验证流程。

The Protein View

蛋白质视图在DDA和DIA工作流程中展示了复杂生物样品的蛋白谱。对于每个蛋白质，Coverage视图显示了一个包含谱图注释信息的肽图，用于结果的验证。使用PEAKS传统的从头测序辅助数据库搜索的方法，用户可以轻松地在蓝条状图中查看与参考序列数据库匹配一致的多肽序列，而灰色的条状图表示de novo only与参考序列库部分匹配的序列标签。

The Peptide View

多肽视图提供了多肽鉴定结果的列表，并且包含了MS1的丰度信息，对每一个修饰肽段，修饰位点的置信度信息（Ascore）也会显示在这里。