PEAKS ONLINE 13 来啦 ！
PEAKS Online重构DDA与DIA分析流，通过算法优化实现了分析流的简化与易用性的提升。借助全新的用户界面、提升的数据与系统稳定性，并简化参数设置，助力用户将蛋白质组学分析提升至全新高度！
架构全面升级
所有界面重新设计，系统稳定性显著增强，项目管理功能优化，工作流及参数选择大幅简化，为用户提供更加友好、高效的分析体验。
结果透明化呈现
新增的特征峰(Feature)列表，可与de novo only等其他Tab结合，查看每个鉴定序列对应的所有MS1特征峰关联信息，方便用户对鉴定结果进行校验与确认。
提升 DIA 性能，实现深度挖掘
DIA数据库搜索速度显著提升，蛋白质组鉴定结果更加精准。为突破传统蛋白质组学局限，PEAKS率先推出支持序列变异鉴定的DIA从头测序算法，助力实现更深层的生物学发现。
自定义非标记定量
用户可深入分析样本间的肽段/蛋白丰度差异。升级后的DDA Proteome workflow中，通过PEAKS PTM和SPIDER发现的未知修饰和突变肽段也可参与LFQ定量。
结果可视化新增样本相关性散点图和密度比率图。DIA蛋白质定量方法可灵活选择，可选择基于前3条独特肽段或所有独特肽段的MaxLFQ算法进行计算。归一化策略新增保留时间依赖型(RT Dependent)和全局型(Global)两种选项。
优化 DDA 和 DIA DeepNovo 多肽组分析流
DDA DeepNovo Peptidome workflow中的Gene Tab展示鉴定的多肽与基因的匹配关系，弥合了蛋白质组学与基因组学的研究鸿沟。
DIA DeepNovo Peptidome workflow在准确性与速度方面均进行了优化，现支持用户自定义“候选列表”，形式可选择谱图库(Spectral Library)或包含样本中预期存在肽段的肽段列表(Peptide List)。
此外，结果中新增了蛋白质列表展示，便于多肽与蛋白对应。
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The PEAKS Team
Bioinformatics Solutions Inc.
