借助液相色谱 – 质谱免疫肽组学与 PEAKS 加速个性化癌症疫苗研发
个性化癌症疫苗通过靶向肿瘤特异性新抗原（即癌细胞表面独有的肽段），正在改变肿瘤治疗领域。快速且准确地识别这些新抗原，是设计有效的、针对患者个体的免疫疗法的关键步骤。
尽管下一代测序（NGS）在癌症疫苗研发中发挥着基础性作用，但其仅能基于 DNA 或 RNA 序列预测新抗原候选物，无法针对细胞表面实际呈现的肽段进行分析。相比之下，基于液相色谱 – 质谱（LC-MS）的免疫肽组学可直接检测主要组织相容性复合体（MHC）呈递的肽段，是识别功能性新抗原更可靠的方法。
最新升级的PEAKS® Online 针对数据依赖采集（DDA）与数据非依赖采集（DIA）分析工作流完成了全新重构，搭载优化升级算法，打造更简洁易用的分析流程。软件界面全面焕新，数据处理与系统运行稳定性大幅提升，简化参数配置步骤，助力科研人员实现更高水准的蛋白质组学解析。软件符合CFR数据管理规范，可在临床、工业全场景下保障数据完整性和安全性，并完成监管审计前置筹备工作。
PEAKS® Online 还搭载两大特色工作流：大队列自动化分析与实时质控工作流，配套一体化操作界面，可实现质谱仪器原始数据全自动导入解析，并同步开展实时数据质量评估。
从发现到验证：仅需六周的工作流程
在近期一项研究中，研究人员设计了一套高效的工作流程，从肿瘤组织样本到验证新抗原候选物仅需六周，以此加速个性化癌症疫苗的研发进程。实现这一快速周转的关键，在于整合同一肿瘤样本的 RNA 测序（RNA-seq）数据与液相色谱 – 质谱数据，从而同时获得转录组学与免疫肽组学的研究见解。
PEAKS Online 在数据整合中起到了核心作用，助力科研人员针对液相色谱 – 质谱免疫肽组数据，同时检索以下两种数据库：
- 公共蛋白质数据库（如 UniProt）；
- 源自 RNA 测序的、个性化的患者特异性蛋白质序列。
从头测序的优势
除了传统的数据库检索，研究团队还借助 PEAKS 的从头测序功能，发现了标准数据库中未收录的肽段。以数据库已识别的肽段为基准，研究人员估算出约 60% 的从头测序肽段序列测定准确，这一结果凸显了从头测序在发现传统检索方法遗漏的、患者特异性新抗原方面的潜力。
为筛选出值得进一步测试的候选物，研究团队采用两种不同算法预测肽段与 MHC 的结合亲和力，并选择排名靠前的肽段进行体外验证。
为何体外验证仍不可或缺
有趣的是，体外 T 细胞反应实验显示，预测排名前五的候选物并未引发强烈的免疫反应，而排名靠后的第 6 至 15 号候选物却做到了。这一结果揭示了新抗原发现过程中的一个重要经验：计算预测必须通过实验验证。免疫原性并非总能仅从结合分数中推断得出。
结论
这项研究进一步证实了基于液相色谱 – 质谱的免疫肽组学的价值，尤其是与 PEAKS 这类可进行数据库检索和从头测序的先进软件结合使用时，其价值更为显著。仅用六周时间就能完成肿瘤特异性免疫肽段的发现与验证，这一成果为推动个性化癌症疫苗向更快速、更精准、更易获取的方向发展迈出了充满希望的一步。