液体活检能否实时捕捉肿瘤免疫肽组？
癌症免疫治疗与疫苗研发面临一大核心瓶颈：缺少易获取、非侵入式的生物标志物，用以长期监测肿瘤抗原呈递动态。尽管手术切除组织来源的膜结合的HLA 配体组能够实现高深度的抗原覆盖，但重复组织活检属于有创操作，临床落地难度大。
最新发表于《Molecular & Cellular Proteomics》的研究论文 ——The soluble HLA repertoire captures neoantigenic, cryptic, and tumour-associated peptides in melanoma，评估了常规血浆样本中循环可溶性 HLA-I（sHLA-I）复合物，是否可以真实复现膜结合型肿瘤抗原图谱。
研究采用经过优化的 SAPrIm 半自动工作流，搭配 Orbitrap Astral 质谱仪（DIA-MS），对 5 名黑色素瘤患者手术切除时同步采集的配对肿瘤组织与血浆样本开展分析。PEAKS® Studio的DeepNovo Peptidome分析流程助力肿瘤抗原挖掘与免疫治疗研发工作。
核心研究发现
- 高度的生物学一致性：将肽段检出量按样本上样量归一化处理后，结果显示同一患者的组织样本与血浆样本检出肽段具有强相关性（相关系数 r=0.92）。相较于其他 HLA 配型相合患者的样本，同一患者的血浆 HLA 肽谱和自身肿瘤组织的肽谱相似度显著更高。
- 新抗原与隐蔽肽可在外周血中检出：该研究首次在血浆与肿瘤组织中，鉴定到同一条患者特异性体细胞突变候选新表位。来源于非经典开放阅读框（peptidein）的隐蔽肽同样可以在循环血浆中被检出，占总肽库的约 1%。
- 肿瘤相关抗原检出稳定：无论是血浆还是肿瘤组织样本，肿瘤相关抗原（TAA）在 HLA 肽库中的占比稳定在 10%–12%。
- 黑色素瘤候选生物标志物：通过与健康人血浆、自身免疫病血浆以及良性组织参考数据集（HLA 配体图谱库）进行比对筛选，研究筛选得到 247 个黑色素瘤相关候选源蛋白；其中 9 种蛋白在 5 例患者中的至少 4 例里重复检出。
- 适配生物样本库常规样本体积：仅使用生物样本库常规体积的血浆（200–571 μL），即可获得高深度 sHLA 配体组数据，鉴定到 5213–10089 条非冗余肽段。
该概念验证研究证实：循环 sHLA 配体组保留了肿瘤的核心抗原特征，为微创抗原挖掘、生物标志物开发以及纵向动态监测提供了可行方案。
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The PEAKS Team
Bioinformatics Solutions Inc.
