2026年9月，中科院古脊椎所付巧妹团队联合云南考古所等多家单位在《Nature》发表题为“Ancient proteins identify various Denisovan remains from Southwest China”的研究论文。这项研究利用古蛋白质组学的方法，从云南蝙蝠洞数万件破碎动物骨片里，筛选鉴定出5件丹尼索瓦人标本，包含2件牙齿、2件顶骨碎片、1件桡骨近端化石。蝙蝠洞也由此成为除西伯利亚丹尼索瓦洞之外，丹尼索瓦人化石遗存最丰富的化石地点。该成果填补了中国西南地区丹尼索瓦人地理分布的空白，同时获得全球第一件经分子确认的丹尼索瓦人桡骨化石，为还原丹尼索瓦人的颅后躯体表型提供了重要线索。

在数据分析环节，研究将PEAKS^® Online作为古蛋白质谱数据的核心解析软件。软件结合数据库检索与从头测序两种策略完成肽段、蛋白质鉴定，可以识别脱酰胺、羟基化这类古蛋白特有的翻译后修饰，为判别内源古老蛋白、排除现代污染提供重要依据。借助PEAKS^®的Spider模块，研究挖掘蛋白序列内的单氨基酸多态性（SAP）变异，筛选得到COL1A2‑R996K这类具备系统发育信息的丹尼索瓦人特征氨基酸标记。

PEAKS^® Studio和PEAKS^® Online提供完整的自下而上的蛋白质组学解决方案，具有出色的准确性、灵敏度和分析速度，兼容主流质谱仪产出的DDA和DIA原始数据。

针对本文研究用到的DDA数据，PEAKS^®开创性地将从头测序、数据库搜索，以及序列突变、未知翻译后修饰鉴定（PEAKS^® PTM）整合为一站式分析流程，全方位满足数据分析需求。