免疫肽组学借助串联质谱分析 HLA 结合肽以挖掘 T 细胞靶点。目前主流 CID/HCD 碰撞解离可实现常规肽鉴定,但无法分辨同分异构的 Ile 与 Leu。
现有检索策略常将数据库中 Ile 统一替换为 Leu,该简化方式仅适用于参考序列已知场景;无参考数据库或存在非经典序列变异时需依靠从头测序,而 Ile/Leu 的 b/y 离子质荷比完全相同,CID/HCD 谱图极易发生序列误判。尽管 Ile、Leu 理化性质相近,但位点互换会改变生物学功能,二者的精准区分对生物制药十分关键。
EAD、ETD 等 ExD 电子碎裂技术可生成 d、w 特征离子鉴别 Ile/Leu,但 EAD 存在碎裂效率低、低电荷肽适配差、反应时间长等缺陷。虽已有 EThcD 等 ETD‑CID 联用提升碎裂效率的报道,却缺少免疫肽组学方向的系统性研究;天然免疫肽组的 Ile/Leu 变体分布规律,以及 CID 造成的序列鉴定偏差也尚未得到系统解析。
为解决上述问题,Anthony W. Purcell 团队于2026年5月在《Analytical Chemistry》发表题为Distinguishing Ile/Leu Variant Ligands in the Immunopeptidome Using Hybrid EAD + CID Fragmentation (ExCID)的研究论文。该研究利用EAD与CID结合的混合碎裂模式,完成方法开发、参数优化与实际样本验证,实现了对免疫肽中Ile/Leu变体的高效区分。

PEAKS DeepNovo Peptidome 是免疫肽组学质谱数据专属工作流,整合了从头测序、数据库检索与同源搜索等多种鉴定方式,可完成免疫肽的全面分析,同时支持DDA与DIA数据分析。该工具依托深度学习模型,精准预测肽段的保留时间、碎片离子、离子淌度等质谱参数,还创新性地实现了对从头测序结果的FDR评估,有效提升鉴定准确度,能够高效助力您的免疫肽组学相关研究。
想要深入探索 PEAKS 的丰富功能? 即刻与我们联系!