基于高温蛋白酶与新一代碎裂技术，全面升级抗体从头测序
来自 CinderBio 公司 Steven Yannone 博士团队、与 Albert Heck 博士实验室合作开展的一项最新研究发表于《Cell Systems》。该研究表明：高效高温酸性蛋白酶结合混合碎裂策略，可显著提升从头测序的可靠性。将基于 HTA 的高温单一酶解法与高性能 ZenoTOF EAciD 碎裂技术联用，可获得高信息丰度质谱图，仅通过单次 LC-MS 分析即可实现高置信度的抗体从头测序。
传统胰酶酶解通常产生短肽，对抗体互补决定区（CDR）的覆盖度有限。因此，抗体从头测序通常需要多种蛋白酶、多次质谱分析，流程复杂且成本较高。本研究采用超高温酸性古菌蛋白酶，经一步酶解获得长且重叠的肽段，这些肽段可与PEAKS 从头测序完美适配。
研究证实，PEAKS DeepNovo 肽段测序算法可高效解析 EAciD 碎裂产生的完整碎片离子，输出高置信度肽段序列，在抗体可变区实现单残基水平的可靠判定。依托 PEAKS Studio 获得的高可信肽段序列，可重构包含全部 CDR 的完整抗体序列，相较传统流程，序列置信度更高、错误率更低。
BSI 旗下自动化蛋白与抗体测序工具PEAKS AB已新增HTA 蛋白酶支持，可高效解析新一代碎裂技术下产生的质谱数据、鉴定高可信肽段，助力研究者从质谱数据中挖掘更深层次信息。我们始终坚持以软件技术支撑前沿突破，不断推动抗体测序领域创新。
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