法国巴斯德研究所生物部质谱团队发表在Analytical Chemistry上的文章De Novo Sequencing of Antibody Light Chain Proteoforms from Patients with Multiple Myeloma。作者结合自下而上和自上而下的蛋白质组学方法，建立了一种新的从头测序工作流程用于患者体内LCs的鉴定，无需数据库搜索。PEAKS Studio用于多肽的从头测序解析，并基于ALPS平台(详见特别提示)进一步将这些肽段组装成全长LCs序列。自上而下的蛋白质组学提供了蛋白质形态的完整分子质量，并可以精确测定所有发生翻译后修饰的氨基酸。然后，将该工作流用于从10例多发性骨髓瘤患者的尿液中提取的LCs的完全从头测序。
该工作流程基于bottom up和top down方法的结合，以及使用适当的商业软件工具，首次在序列、PTMs和单体或二聚体形式的存在方面表征LCs的高可变性，能够识别出与特定患者的特定治疗方法相关的意外修饰，同一患者出现不同的LC序列表明存在多个浆细胞克隆或指向不可预测的成熟过程。该研究的总体目标是确定影响这些LC聚集倾向并导致疾病的主要因素，以了解聚合过程并能够在将来防止聚集的发生。
特别提示
文中提到的ALPS是由PEAKS软件母公司Bioinformatics Solutions Inc.于2016年发表的首个全自动蛋白序列组装平台，现已成为成熟的商业化软件—PEAKS AB，专门用于未知抗体与蛋白药物的整体序列组装、糖基化位点鉴定与完整分子量解卷积分析，如需对PEAKS系列软件进一步了解，请“点击此处”提交您的信息，我们将在2个工作日内与您联系。